食べ物が原因（アレルゲン）となるアレルギーが「食物アレルギー」です。Ⅰ型アレルギーです。
たとえば、卵を食べるとじん麻疹が出る、牛乳を飲むと嘔吐する、などです。
「免疫」とは、侵入または摂取した異物を、体内から排除するためのシステムですが、食べ物は自分以外の物質（すなわち異物）の固まりです。
つまり、異物である食物（それに含まれるタンパク質）に対して免疫反応が起こった結果が食物アレルギーなのです。
食物は胃や腸で消化・分解され、腸管の粘膜（腸壁）から体内に吸収されます。
ただし、このときに、食物のタンパク質がすべて消化されるわけではありません。
きちんと消化されずに吸収されるタンパク質も存在します。
この未消化の食物タンパク質が食物アレルギーの原因物質（アレルゲン）となるのです。
たとえば、腸粘膜のマスト細胞（注）が、未消化の食物タンパク質と反応した場合、マスト細胞からは化学物質が放出されます。
その化学物質が腸に作用した結果、下痢や嘔吐といった症状が現れます。
また、腸から体内に吸収された食物タンパク質が血管に乗って皮膚に行き、皮膚のマスト細胞と反応した場合には、マスト細胞から放出された化学物質によって、湿疹やじん麻疹といったアレルギーの症状が現れます。
とはいえ、あらゆる食物タンパク質に対して免疫が働いてしまっては、なにも食べられなくなってしまうので、腸の周囲の組織には腸特有の免疫システムが備わっています。
食物アレルギーは、そのシステムが特定の食物タンパク質に対してうまく働かない場合に発症するアレルギーだといえます。
繰り返しますが、食物アレルギーは、食物のタンパク質がアレルゲンです。
マスト細胞＝免疫細胞の一種。肥満細胞ともいう。