食物アレルギーの原因となるアレルゲンにはさまざまなものがあります。
卵、牛乳、大豆によるアレルギーは有名です。この三つを『三大アレルゲン』といいます。
米、小麦を加えて、『五大アレルゲン』ともいいます。
そのほかに、魚類、エビやカニといった甲殻類、そば、乳製品、ナッツ類などによるアレルギーもあります。
食べ物はすべて、人体にとっては異物ですので、あらゆる食べ物がアレルギーを引き起こす可能性を持っています。
食べ物にはタンパク質、脂質、鉄やカルシウムやマグネシウムといったミネラル、各種ビタミンなどいろんな物質が含まれていますが、アレルゲンとなるのはそのうちの特定のタンパク質に限られます。
消化という過程は、まず口でかみ砕かれてから胃に送られ、体に吸収できるサイズにまで消化されます。
消化はさらに腸でも行われ、タンパク質は最終的に小さなペプチド（タンパク質の断片）やアミノ酸（タンパク質の最小構成部品）に分解されます。
ここまで小さくなれば、その物質がアレルゲンとして働くことはありません。
つまり、胃や腸などの消化器官は食物を消化・吸収するだけでなく、タンパク質が抗原（アレルゲン）として働かないようにもしているのです。
ところが、このしくみは完壁ではありません。
食物に対するアレルギーを持つと持たざるとに関わらず、未消化のまま体に吸収されるタンパク質も、ごくわずかだがつねに存在します。
そして、食物アレルギーの人にとってはこの未消化のタンパク質がアレルゲンとなり、さまざまな症状が引き起こされるのです。